3. Excitation électronique et relaxation
La lumière UV et visible utilisée dans les expériences décrites dans cet article correspond à une excitation électronique des chromophores présents dans l'ion. Dans le cas des protéines, il s'agit des acides aminés aromatiques (tryptophane, tyrosine, phénylalanine). Suite à une excitation électronique (absorption d'un photon hνa), l'ion peut se désexciter par (figure ) :
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émission d'un photon hνe (fluorescence) ;
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conversion de l'énergie électronique en énergie vibrationnelle...

