Détermination des structures 3D des macromolécules biologiques par diffraction X. Partie 2

6.1 Introduction

Le but de l'affinement d'une structure cristallographique est non seulement d'améliorer le modèle construit en termes de positions atomiques lors des étapes précédentes mais aussi de déterminer les paramètres caractérisant les mouvements des atomes, afin de représenter au mieux la (ou les) structure(s) présente(s) dans le cristal. Cette étape du processus cristallographique consiste à optimiser le modèle issu de l'interprétation des cartes de densité électronique, par un procédé mathématique qui minimise le plus souvent l'écart entre les modules de facteurs de structure observés et les modules des facteurs de structure calculés. D'une façon générale, l'affinement d'une macromolécule biologique est un processus d'optimisation non linéaire d'une certaine fonction (que l'on définira) dépendant de paramètres et reposant sur des observations.

Schématiquement, quatre parties sont à considérer :

• le choix de la fonction à optimiser ;

• le choix du processus mathématique d'optimisation ;

• les observations disponibles ;

• les paramètres...