4. Remplacement moléculaire
Le terme de remplacement moléculaire représente une famille de techniques dont l'objet est d'utiliser la présence d'une macromolécule, d'une sous-unité de macromolécule, ou d'un fragment de macromolécule, dans différents environnements cristallographiques, pour déterminer ou améliorer des phases initiales. C'est la méthode de choix lorsque la macromolécule à étudier (molécule cible) est parente à une autre dont la structure tridimensionnelle est connue (molécule sonde). Ce qui est important ici est la parenté structurale, c'est-à-dire la similitude du repliement tridimensionnel. Cette similarité structurale est en général mise en évidence par des méthodes d'analyse des séquences. La méthode du remplacement moléculaire n'utilise que les modules des facteurs de structures de la protéine native sans nécessité l'ajout d'atomes supplémentaires. Pour utiliser cette méthode, on doit disposer :
-
d'un espace complet de diffraction pour la molécule X dont on cherche à déterminer la structure tridimensionnelle ;
-
de la structure d'une molécule M que l'on suppose être parente à X, c'est-à-dire que les deux molécules sont supposées avoir un repliement...
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