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Biotechnologies dans la métallurgie extractive - Microbiologie et extraction des métauxARCHIVE | Réf : P1090 v1
Auteur(s) : Jean CAVARELLI
Date de publication : 10 mars 2000
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Les structures tridimensionnelles sont déposées dans une base de données spécialisée, appelée Protein Data Bank (PDB), située actuellement à Brookaven aux États-Unis. Cette base de données est d’accès libre et gratuit et permet à la communauté internationale d’avoir accès aux coordonnées des structures résolues (via la réseau Internet, voir adresse en [Doc. P 1 090]). Le dépôt des coordonnées d’une macromolécule est devenue une condition préalable à la publication des travaux de recherche dans une revue internationale de haut niveau. Il faut se rappeler que les publications sont le critère premier de jugement du travail scientifique d’un chercheur du secteur public. En conséquence, la PDB a subi une croissance importante ces dernières années. En septembre 1998, elle contenait 8 270 structures et, en septembre 1999, 10 714, dont 82 % de structures cristallographiques. En 1997, 1 857 structures nouvelles ont été déposées, soit en moyenne plus de cinq structures par jour. Au cours des quatre premiers mois de 1998, 1 226 structures ont déjà été déposées.
Chaque macromolécule est répertoriée dans la PDB par un nom de code arbitraire et peut être accédée via une interface graphique simple et performante. De nombreux liens vers d’autres bases de données spécialisées permettent de rassembler un maximum de connaissances sur une macromolécule donnée. Chaque entrée de la PDB contient des informations techniques simples et concises sur la méthode de détermination de la structure ainsi qu’un certain nombre de critères de validation.
Le dépôt de coordonnées est une pratique moins courante dans le monde industriel où au contraire on ne souhaite pas communiquer aux compétiteurs les données si précieuses que constituent les coordonnées atomiques d’une structure. Il n’est pas inhabituel que plusieurs sociétés pharmaceutiques déterminent en parallèle la même structure et ne rendent pas ces coordonnées accessibles. La PDB ne contient donc pas toutes les structures résolues. Il est aussi possible pour une équipe de recherche de déposer les coordonnées d’une macromolécule à la PDB sans qu’elles soient accessibles au public...
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