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Biotechnologies dans la métallurgie extractive - Microbiologie et extraction des métauxARCHIVE | Réf : P1090 v1
Auteur(s) : Jean CAVARELLI
Date de publication : 10 mars 2000
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Le terme de remplacement moléculaire représente une famille de techniques dont l’objet est d’utiliser la présence d’une macromolécule, d’une sous-unité de macromolécule, ou d’un fragment de macromolécule, dans différents environnements cristallographiques, pour déterminer ou améliorer des phases initiales. C’est la méthode de choix lorsque la macromolécule à étudier est parente à une autre, dont la structure tridimensionnelle est connue. Ce qui est important ici est la parenté structurale, c’est-à-dire la similitude du repliement tridimensionnel. Cette similarité structurale est en général mise en évidence par des méthodes d’analyse des séquences. La méthode du remplacement moléculaire n’utilise que les modules des facteurs de structures de la protéine native sans nécessiter l’ajout d’atomes lourds supplémentaires. Pour utiliser cette méthode, on doit disposer :
d’un espace complet de diffraction pour la molécule X dont on cherche à déterminer la structure tridimensionnelle ;
de la structure d’une molécule M que l’on suppose être parente à X, c’est-à-dire que les deux molécules sont supposées avoir un repliement tridimensionnel commun (partiellement ou complètement).
La méthode du remplacement moléculaire utilise les propriétés de la fonction de Patterson qui est le produit de convolution de la densité électronique par son image obtenue par un centre de symétrie par rapport à l’origine :
avec :
On peut montrer que les maxima de la fonction de Patterson correspondent aux vecteurs interatomiques. Ces vecteurs peuvent être schématiquement divisés en deux classes :
les vecteurs intramoléculaires, reliant deux atomes de la même molécule (ou d’une même sous-unité). Ces vecteurs...
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