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Développement logiciel en traitement d'images médicales - Bonnes pratiques et méthodologieArticle de référence | Réf : MED900 v1
Auteur(s) : François ROUSSEAU, Nicolas PASSAT
Date de publication : 10 févr. 2014
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Recalage d'images médicalesCet article fait partie de l’offre
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Le recalage joue un rôle essentiel pour le traitement et l'analyse d'images médicales, et en particulier celui des IRM cérébrales. Son importance se justifie par la nécessité de pouvoir mettre en relation des structures anatomiques particulières entre différentes images. Le contexte dans lequel se pose la question du recalage n'est pas unique. Selon que l'on s'intéresse à recaler des images d'un même sujet (recalage intra-individu) ou de plusieurs (recalage inter-individu), et/ou des images de même nature (recalage monomodal) ou non (recalage multimodal), les méthodologies employées peuvent sensiblement différer. Il n'en demeure pas moins que la problématique de fond reste la même, à savoir la détermination d'une fonction de mise en correspondance entre les espaces de définition des différentes images mises en jeu. Il convient de faire la distinction entre le recalage d'images, qui s'attache à calculer de telles fonctions, et l'usage qui est fait de ces fonctions, par exemple pour la segmentation et la classification d'images (§ 2), la fusion de données [TE 5 230] ou encore la conception d'atlas numériques (§ 3.3).
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(1) - LAUTERBUR (P.) - Image formation by induced local interactions : examples employing nuclear magnetic resonance. - Nature, 242, p. 190-191 (1973).
(2) - WESTBROOK (C.) - Handbook of MRI technique. - Wiley (1999).
(3) - CARR (J.C.), CARROLL (T.J.) - Magnetic resonance angiography. - Springer (2012).
(4) - JOHANSEN-BERG (H.), BEHRENS (T.E.J.) (Eds) - Diffusion MRI. - Elsevier Academic Press (2009).
(5) - LUSTIG (M.), DONOHO (D.L.), SANTOS (J.M.), PAULY (J.M.) - Compressed sensing MRI. - IEEE Signal Processing Magazine, 25, p. 72-82 (2008).
(6) - BATCHELOR (P.G.), ATKINSON (D.), IRARRAZAVAL (P.), HILL (D.L.), HAJNAL (J.), LARKMAN (D.) - Matrix description of general motion correction applied to multishot images. - Magnetic Resonance in Medicine,...
Slicer 3D (version pour Windows, Mac et Linux), États-Unis http://www.slicer.org
BrainVisa (version pour Windows, Mac et Linux), IFR49, CEA/SAC/DSV/I2BM/NeuroSpin, Gif Sur Yvette, France http://www.brainvisa.info
FSL (version pour Mac et Linux), Oxford, Angleterre http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl
SPM – Statistical Parametric Mapping (toolbox pour Matlab), Wellcome Trust Center for Neuroimaging, Londres, Angleterre http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm
Freesurfer (version pour Mac et Linux), Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging, Charlestown, États-Unis https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu
LONI Pipeline (version pour Windows, Mac et Linux), Laboratory of Neuro Imaging, Los Angeles, États-Unis http://www.pipeline.loni.ucla.edu
MedINRIA (version pour Windows, Mac et Linux), INRIA, France http://med.inria.fr
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NITRC : The source for neuroimaging tools and resources http://www.nitrc.org
ADNI : Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative http://adni.loni.usc.edu/...
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