Article de référence RECHERCHE ET INNOVATION | Réf : RE136 v1
Auteur(s) : Charlotte BECQUART, Michel PEREZ
Date de publication : 10 janv. 2010
Relu et validé le 01 juin 2015
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La dynamique moléculaire est un domaine de recherche relativement jeune et actuellement en pleine expansion grâce au nombre d'utilisateurs (et donc de développeurs) toujours plus grand. Parmi les principales pistes de développement pour les années à venir, citons :
le développement de potentiels « multi-atomes » décrivant des systèmes binaires, voire ternaires : FeC, FeCCr, FeCMn... ;
la production de potentiels interatomiques en accord avec la thermodynamique « Interatomic potentials consistent with thermodynamics », méthode reposant sur la « cluster variation method » ;
le développement d'algorithmes pour accélérer la DM. Outre la parallélisation, un certain nombre d'algorithmes ont été proposés : l'hyper-DM , la méthode des répliques parallèles ...
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INNOVATIONS TECHNOLOGIQUES
(1) - VERLET (L.) - Computer « experiments » on classical fluids. I. Thermodynamical properties of Lennard-Jones molecules. - Phys. Rev., 98, p. 159 (1967).
(2) - VERLET (L.) - Computer « experiments » on classical fluids. II. Equilibrium correlation functions. - Phys. Rev., 201, p. 165 (1968).
(3) - HOCKNEY (R.W.) - The potential calculation and some applications. - Methods, Comp. Phys., 9, p. 136 (1970).
(4) - SWOPE (W.C.), ANDERSEN (H.C.), BERENS (P.H.), WILSON (K.R.) - A computer simulation method for the calculation of equilibrium constants for the formation of physical clusters of molecules : Application to small water clusters. - J. Chem. Phys., 76, p. 637 (1982).
(5) - GEAR (C.W.) - Numerical initial value problems in ordinary differential equations. - Prentice-Hall, Englewood Cliffs, NJ (1971).
(6) - ANDERSEN...
Modélisation moléculaire des polymères linéaires.
Modélisation moléculaire – Offres de logiciels et perspectives.
Vu la puissance des outils de calcul et la simplicité des logiciels (souvent libres) de dynamique moléculaire, il est relativement à la portée de tout ingénieur ou chercheur qui dispose d'un peu de temps de se « lancer » : les documentations sont souvent très bien rédigées et dotées de didacticiels ou d'exemples relativement faciles à mettre en œuvre. On trouvera ci-après la liste des principales distributions disponibles. Cependant, il est beaucoup plus efficace de commencer par se « former » auprès de chercheurs expérimentés : soit lors d'un stage en laboratoire (ceux des auteurs par exemple), soit lors de workshops organisés par des groupements de laboratoires ou autres organisations (le CECAM par exemple, http://www.cecam.org/press.html)
HAUT DE PAGE2 Distributions de Dynamique Moléculaire
AMBER (Assisted Model Building and Energy Refinement) http://ambermd.org/ Univ. California. Version 10 (avril 2008). Payant sous licence (Rech./Educ. $400 – Entreprise : $25 000). Dédié molécules organiques.
CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) http://www.charmm.org/ Harvard Univ. Version 36 (février 2009). Payant sous licence (Rech./Educ. $600). Dédié molécules organiques, possibilité de couplage avec un module de calcul quantique.
DL_POLY http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/index.shtml Science & Technology Facility Council. Version...
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