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Pharmacométrie| Réf : PHA1015 v1
Auteur(s) : Ronan BUREAU
Date de publication : 10 juin 2014
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2.1 Principe physique de l'affinité
Pour des interactions intermoléculaires non covalentes entre deux molécules, une macromolécule et un ligand, une constante d'association à l'équilibre nommée Keq est déterminée, constante valable à une température donnée. Cette constante, décrite par rapport à la loi d'action de masse (5), traduit l'affinité entre une protéine P et un ligand L :
Cette constante d'association est reliée à deux paramètres cinétiques de plus en plus étudiés : le kon (M–1 · s–1) pour la formation et le koff (s–1) pour la dissociation de telle façon que nous ayons à l'équilibre l'équation (6) avec M pour l'unité de concentration (mol · L–1) et s pour l'unité de temps :
L'énergie libre de Gibbs (G ) mesure la quantité maximale de travail nécessaire pour passer d'un état initial à un état d'équilibre. À température et pression constantes, on peut prédire l'évolution d'un système en fonction de la variation d'énergie libre selon (7) :
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TECHNIQUES D'ANALYSE
(1) - LEACH (A.) - Molecular modelling : principles and applications. - (2nd edition) Prentice Hall (2001).
(2) - ALLINGER (N.L.) - Conformational analysis. 130. MM2. A hydrocarbon force field utilizing V1 and V2 torsional terms. - J. Am. Chem. Soc., 99(25), p. 8127-8134 (1977).
(3) - ALLINGER (N.L.), YUH (Y.H.), LII (J.H.) - Molecular mechanics. The MM3 force field for hydrocarbons. - 1. J. Am. Chem. Soc., 111(23), p. 8551-8566 (1989).
(4) - HALGREN (T.A.) - The representation of van der Waals (vdW) interactions in molecular mechanics force fields : potential form, combination rules, and vdW parameters. - J. Am. Chem. Soc., 114(20), p. 7827-7843 (1992).
(5) - JORGENSEN (W.L.), MAXWELL (D.S.), TIRADO-RIVES (J.) - Development and testing of the OPLS all-atom force field on conformational energetics and properties of organic liquids. - J. Am. Chem. Soc., 118(45), p. 11225-11236 (1996).
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Les liens vers les logiciels sont cités dans la bibliographie.
Pour une liste de ressources complémentaires, consulter http://www.vls3d.com/links.html Bruno Villoutreix web site
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