Présentation

Article

1 - SPECTROMÉTRIE DE MASSE EN TANDEM ET MODES D'EXCITATION

2 - COUPLAGE LASER - SPECTROMÉTRIE DE MASSE

3 - EXCITATION ÉLECTRONIQUE ET RELAXATION

4 - ACTIVATION DES RADICAUX PHOTO-INDUITS : OUTIL POUR L'IDENTIFICATION DE PROTÉINES

5 - SPECTROSCOPIE D'ACTION : VERS UNE SONDE STRUCTURELLE D'IONS EN PHASE GAZEUSE

6 - CONCLUSION

7 - ORGANISME

Article de référence | Réf : RE107 v1

Activation des radicaux photo-induits : outil pour l'identification de protéines
Dissociation assistée par laser : analyse structurelle de biomolécules

Auteur(s) : Rodolphe ANTOINE, Philippe DUGOURD

Relu et validé le 06 janv. 2020

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RÉSUMÉ

La spectrométrie de masse est une technique analytique extrêmement importante pour l'identification de molécules, ceci par la mesure du rapport masse sur charge (m/z) de l'espèce ionisée ou de ses fragments. Le couplage avec un laser apporte une dimension nouvelle à la spectrométrie de masse. En effet, grâce au contrôle de l'excitation de l'ion via l'énergie de la lumière utilisée, la nature et la position des chromophores, la durée temporelle de l'impulsion lumineuse et sa puissance, cette technique d’excitation ouvre la voie vers un contrôle de la fragmentation des ions, une fragmentation sélective d'un isomère donné, la mesure du spectre d'absorption optique d'ions isolés... Ainsi, au-delà de l'analyse structurelle, le couplage spectroscopie optique-spectrométrie de masse permet l'étude conformationnelle et dynamique de biomolécules isolées ou dans un environnement contrôlé.

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ABSTRACT

Laser-assisted dissociation: structural analysis of biomolecules

Mass spectrometry is an extremely important analytic technique for the identification of molecules, via the measurement of the mass-to-charge ratio (m/z) of the ionized species or of its fragments. The coupling with a laser has brought a new dimension to mass spectrometry. Indeed, due to the control of the ion excitation via the energy of the light used, the nature and position of the chromophores, the temporal duration of the light pulse and its power, this excitation technique opens the way towards the control of ion fragmentation, a selective fragmentation of a given isomer, the measurement of the optical absorption spectrum of isolated ions, etc. Thus, beyond the structural analysis, the coupling of optical spectrometry and mass spectrometry allows for the conformational and dynamic study of biomolecules that are isolated or in a controlled environment.

INTRODUCTION

La spectrométrie de masse est une technique analytique extrêmement importante pour l'identification de molécules, ceci par la mesure du rapport masse sur charge (m/z) de l'espèce ionisée ou de ses fragments. La spectroscopie UV-visible permet de sonder les propriétés électroniques et structurelles d'une molécule ou d'un ion. Ces deux approches peuvent être couplées dans des expériences de photodissociation et de photodétachement d'électron sur des biomolécules piégées.

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DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-re107


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4. Activation des radicaux photo-induits : outil pour l'identification de protéines

4.1 Principe

Les radicaux obtenus après irradiation laser peuvent être isolés dans le piège (MS2) puis réexcités par activation collisionnelle (MS3). L'activation d'un ion radicalaire conduit à des mécanismes de fragmentation très différents de ceux obtenus sur un ion non radicalaire. Il est notamment possible de fragmenter des liaisons covalentes (en particulier du squelette) tout en conservant des liaisons faibles, ce qui trouve une application particulièrement pertinente pour l'étude des complexes non covalents ou des modifications posttraductionnelles.

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4.2 Application à la caractérisation de sites de phosphorylation

La figure  montre les résultats obtenus sur un même peptide phosphorylé en modes positif et négatif , . L'activation collisionnelle de ce peptide (directement issu de la source electrospray) conduit majoritairement à la perte du phosphate avec très peu d'information sur sa séquence. La figure a montre un spectre obtenu par CAD sur le radical obtenu par photoclivage du chromophore à partir de l'ion doublement protoné. Une fragmentation efficace du squelette est observée (fragments a et b) avec une inhibition complète de la perte de la modification posttraductionnelle. Sur la figure b, le radical a été obtenu par photodétachement d'un électron à partir de l'espèce doublement déprotonée. L'activation collisionnelle du radical [M-2H]- conduit également à une fragmentation efficace du squelette. Les fragments obtenus (a et x) avec cette technique dénommée EPD (electron photodetachment dissociation) ,  sont similaires à ceux observés par les techniques ETD (electron transfer dissociation)  et EDD (electron detachment dissociation) .

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4.3 Application à un mélange peptidique issu d'une digestion de protéine

En protéomique, l'identification de protéines est réalisée de manière routinière par spectrométrie de masse combinée à des outils bio-informatiques. La technique utilisée consiste à enregistrer par spectrométrie...

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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - MCLUCKEY (S. A.), WELLS (J. M.) -   Mass analysis at the advent of the 21st century  -  Chem. Rev., 101, 571 (2001).

  • (2) - HERNANDEZ (P.), MARKUS MÜLLER (M.), APPEL (R. D.) -   Automated protein identification by tandem mass spectrometry : Issues and stratégies  -  Mass Spectrom. Rev., 25, 235-254 (2006).

  • (3) - ZUBAREV (R. A.), KELLEHER (N. L.), MCLAFFERTY (F. W.) -   Electron capture dissociation of multiply charged protein cations. A nonergotic process  -  J. Am. Chem. Soc., 120, 3265 (1998).

  • (4) - COON (J. J.), SHABANOWITZ (J.), HUNT (D. F.), SYKA (J. E. P.) -   Electron Transfer Dissociation of Peptide Anions  -  J. Am. Soc. Mass Spectrom., 16, 880-882 (2005).

  • (5) - LITTLE (D. P.), SPEIR (J. P.), SENKO (M. W.), OCONNOR (P. B.), MCLAFFERTY (F.) -   W. infrared Multiphoton Dissociation of Large Multiply-Charged Ions for Biomolecule Sequencing  -  Anal. Chem., 66, 2809-2815 (1994).

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