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Article

1 - CONTEXTE

2 - ADN ET PROTÉINE : DEUX BIOPOLYMÈRES ESSENTIELS AU FONCTIONNEMENT DU VIVANT

3 - CONJUGUÉS OLIGONUCLÉOTIDES- PROTÉINES : VOIES DE SYNTHÈSE ET APPLICATIONS

4 - CONJUGUÉS PETITS ADN-PROTÉINES

5 - CONJUGUÉS ADN GÉANTS-PROTÉINES : IMPORTANCE DE LA CONFORMATION

6 - CONCLUSION

Article de référence | Réf : IN172 v1

Conjugués ADN géants-protéines : importance de la conformation
Structures hybrides ADN-protéines : synthèse et applications

Auteur(s) : Anna VENANCIO-MARQUES, Sergii RUDIUK, Damien BAIGL

Date de publication : 10 févr. 2014

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RÉSUMÉ

Cet article décrit la préparation et les applications de nouvelles structures hybrides, composées de protéines variées (enzymes, anticorps...) et d'ADN de différentes tailles (oligonucléotide, petit ADN double brin, ADN géant). Il est montré en particulier comment, en combinant les propriétés biologiques et physico-chimiques de ces biopolymères essentiels à la vie, il est possible d'obtenir des nanostructures aux propriétés inédites, permettant des applications innovantes dans de nombreux domaines scientifiques qui vont de la biochimie aux nanotechnologies.

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ABSTRACT

Hybrid DNA-protein structures: synthesis and applications

 

Auteur(s)

  • Anna VENANCIO-MARQUES : Doctorante au département de chimie de l'École normale supérieure de Paris, UMR 8640

  • Sergii RUDIUK : Docteur, chargé de recherche CNRS au département de chimie de l'École normale supérieure de Paris, UMR 8640

  • Damien BAIGL : Professeur à l'université de Pierre et Marie Curie Paris 6, département de chimie de l'École normale supérieure de Paris, UMR 8640

INTRODUCTION

Résumé

Cet article décrit la préparation et les applications de nouvelles structures hybrides, composées de protéines variées (enzymes, anticorps, etc.) et d'ADN de différentes tailles (oligonucléotide, petit ADN double brin, ADN géant). Nous montrons en particulier comment, en combinant les propriétés biologiques et physico-chimiques de ces biopolymères essentiels à la vie, il est possible d'obtenir des nanostructures aux propriétés inédites, permettant des applications innovantes dans de nombreux domaines scientifiques qui vont de la biochimie aux nanotechnologies.

Abstract

In this article, we review the preparation and the wide range of applications of new hybrid structures, which combine various proteins (enzymes, antibodies, etc...) with DNA of different lengths (oligonucleotides, small double stranded DNAs, giant DNAs). We show how bringing together the biological and physico-chemical properties of these two biologically essential polymers in a single entity leads to nanostructures with novel features, therefore paving the way for groundbreaking applications in scientific fields ranging from biochemistry to nanotechnology.

Mots-clés

Bioconjugaison, AFM, microscopie de fluorescence, nanotechnologie, biotechnologie, combinaison de propriétés spécifiques ADN et protéine

Keywords

Bioconjugation, AFM, fluorescence microscopy, nanotechnology, biotechnology, combining DNA and protein properties

Points clés

Domaine : biotechnologie et nanotechnologie

Degré de diffusion de la technologie : Émergence | Croissance | Maturité

Technologies impliquées : purification de protéines, bioconjugaison, AFM, microscopie de fluorescence, cinétique enzymatique, métallisation, PCR

Domaines d'application : procédés biochimiques, bioanalyse, santé, nanoélectronique

Principaux acteurs français : ENS, UPMC, CNRS

Pôles de compétitivité :

Centres de compétence :

Industriels :

Autres acteurs dans le monde : Christof M. Niemeyer (Karlsruhe Institute of Technologie, Allemagne)

Contact : http://www.baigllab.com

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DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-in172

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5. Conjugués ADN géants-protéines : importance de la conformation

5.1 ADN géants et compaction

Lorsque la longueur des molécules d'ADN double brin augmente considérablement, de nouvelles propriétés physico-chimiques se manifestent. En effet, un ADN géant, qui possède une longueur de contour beaucoup plus importante que la longueur de persistance , existe en solution sous forme de pelote étirée par les répulsions électrostatiques entre les groupements phosphates. La neutralisation de ces groupements phosphates par certains agents cationiques conduit à un phénomène spectaculaire, au cours duquel la molécule d'ADN va passer brutalement de son état de pelote à un état compact extrêmement dense. Ce phénomène est appelé « compaction de l'ADN géant ». Une décompaction d'une molécule d'ADN compactée est aussi possible en augmentant par exemple la concentration en sel du milieu, ou encore en ajoutant une molécule anionique qui rentre en compétition avec l'ADN.

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5.2 Stratégies de conjugaison

Afin de combiner la capacité des ADN géants à se compacter/décompacter avec les propriétés de protéines cibles, notre équipe a choisi de conjuguer de l'ADN géant à diverses enzymes afin de mener une étude sur l'effet de la conjugaison sur l'activité enzymatique .

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5.2.1 Approche...

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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - NIEMEYER (C.M.) -   Semisynthetic DNA-protein conjugates for biosensing and nanofabrication.  -  Angew. Chem. Int. Ed., 49, no 7, p. 1200-1216 (2010).

  • (2) - HERMANSON (G.T.) -   Bioconjugate Techniques  -  (2008).

  • (3) - BANO (F.), FRUK (L.), SANAVIO (B.), GLETTENBERG (M.), CASALIS (L.), NIEMEYER (C.M.), SCOLES (G.) -   Toward multiprotein nanoarrays using nanografting and DNA directed immobilization of proteins.  -  Nano letters, 9, no 7, p. 2614-2618 (2009).

  • (4) - WINSSINGER (N.), HARRIS (J.L.), BACKES (B.J.), SCHULTZ (P.G.) -   From split-pool libraries to spatially addressable microarrays and its application to functional proteomic profiling.  -  Angew. Chem. Int. Ed., 40, no 17, p. 3152-3155 (2001).

  • (5) - COREY (D.R.), SCHULTZ (P.G.) -   Generation of a hybrid sequence-specific single-stranded deoxyribonuclease.  -  Science, 238, no 4 832, p. 1401-1403 (déc. 1987).

  • ...

1 Sites Internet

Conjugué protéine-ADN petit/géant

Site de l'équipe de BAIGL (D.) (École Normale Supérieure, Paris, France) http://www.baigllab.com/

Nanotechnologie ADN

Site de l'équipe de SEEMAN (N.C.) (New York University, NY, États-Unis) http://www.seemanlab4.chem.nyu.edu

Nanostructure biomoléculaire

Site de l'équipe de NIEMEYER (C.M.) (Karlsruhe Institute of Technologie, Allemagne) http://www.ibg.kit.edu/ibg1/193.php

Chimie biomoléculaire

Site de l'équipe de CARELL (T.) (Ludwig MaximiliansUniversität, Munich, Allemagne) http://www.cup.uni-muenchen.de/oc/carell/

Synthèse et propriétés d'assemblages moléculaires

Site de l'équipe de SCHULTZ (P.G.) (The Scripps Research Institute, San Diego, CA, États-Unis) http://www.schultz.scripps.edu/

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