L’arsenal juridique destiné à protéger la qualité des eaux naturelles est complexe et enchevêtré.
Cela provient de la manière dont le législateur a considéré le cours d’eau et l’eau. Tout d’abord, il s’est préoccupé de la quantité : comment éviter les manques d’eau ? Puis, la propriété des cours d’eau et les droits d’usage ont fait le fonds de la jurisprudence. Au début du siècle apparaît la lutte contre la pollution. C’est avec la loi de 1964 qu’apparaît l’unité du bassin hydrographique et avec la loi de 1992 apparaît une prise en compte plus large de l’échelon du bassin.
De plus, la législation découlant de la loi sur l’eau se superpose à celle des installations classées et ces obligations s’ajoutent (cf. § 3.21).
Les Directives européennes et autres accords internationaux ne s’appliquent pas directement et doivent être transcrits en droit français.
Enfin la jurisprudence avait peu à peu considéré les délits de pollution comme des infractions purement matérielles. Or le nouveau code pénal limite ce caractère aux infractions ainsi qualifiées par la loi, ce qui n’est pas le cas pour les délits de pollution. Depuis 1994 on commence à observer un changement de la jurisprudence.
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