Le principe de la dynamique moléculaire, particulièrement simple, consiste à générer les trajectoires d'un ensemble fini de particules en intégrant de façon numérique les équations du mouvement. Cette approche, a priori discutable, est justifiée par l'approximation de Born-Oppenheimer montrant qu'il est possible de dissocier le mouvement des électrons de celui des atomes. Les effets quantiques sont également négligeables car la longueur d'onde de de Broglie associée à une particule est dans la majorité des cas inférieure à la distance interatomique. Ce type de modélisation est souvent utilisé en chimie où les trajectoires ainsi déterminées permettent d'évaluer des propriétés statique et dynamique par des moyennes temporelles.
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