Prédiction bioinformatique de la structure 3D des protéines
Bioinformatique structurale - Bases de données et méthodes de prédiction

Prédire la structure 3D d’une protéine à partir de sa seule séquence est un défi ambitieux. Même si les structures secondaires peuvent être prédites avec une fiabilité assez élevée, prédire le positionnement relatif de ces structures en 3D reste très difficile. Prenons l’exemple d’une protéine prédite comme constituée de trois hélices et trois brins, et des connexions boucle entre ces éléments : la diversité d’appariement de ces éléments est extrêmement vaste, car sous la terminologie « boucle », les conformations sont extrêmement nombreuses. Même si l’énumération de ces possibilités peut être envisagée de manière exhaustive, trier parmi ces possibilités et identifier celle correspondant à la structure native requiert une fonction capable de quantifier de manière précise la pertinence de cette structure, autrement dit une fonction de score. Cela a seulement été tenté pour de petites séquences...