6. Solvatation, calculs QM/MM et dynamique moléculaire
Dans la plupart des cas, les molécules étudiées ne sont pas en phase vapeur, et ne peuvent donc être traitées comme étant des molécules isolées. Elles sont le plus souvent solvatées. Il existe plusieurs façons de traiter un soluté dans un solvant. Lorsqu’il y a des interactions spécifiques entre soluté et solvant, telles que des liaisons hydrogène, il faut traiter explicitement le couple soluté-molécules de solvant, comme une « supermolécule ». Dans le cas contraire, pour décrire l’effet du solvant sur les propriétés du soluté, il suffit généralement de considérer le soluté à l’intérieur d’une cavité plongée dans un continuum de constante diélectrique égale à celle du solvant. À l’origine d’une telle méthodologie, dite du continuum polarisable, se trouve le modèle...
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