Dans le monde du vivant, l'hydrogène est principalement un intermédiaire biochimique hautement réactionnel qui assure le transfert efficace d'électrons entre espèces microbiennes jouant le rôle de vecteur énergétique. Dans le monde industriel, la nature réactive de l'hydrogène fait qu'il est utilisé comme réactif dans de nombreux procédés de la chimie fine, de la pétrochimie et même de l'agroalimentaire ou comme carburant pour des applications en piles à combustible.
La fermentation orientée vers la production d'hydrogène est un procédé qui est apparu récemment dans le domaine des biotechnologies. Plutôt considérée comme un processus de dégradation indésirable de la matière organique générant des nuisances olfactives et des sous-produits sans grand intérêt, tels que l'acétate et le butyrate, elle est devenue attrayante par sa production d'hydrogène. D'un point de vue industriel, la filière de production d'hydrogène par fermentation sombre n'a pas encore un réel intérêt économique, mais le développement des industries de la filière du bioéthanol de seconde génération, transformant les plantes entières en sucres simples, fait naître de nouveaux espoirs
via
la valorisation des sous-produits de cette filière. En effet, la production d'hydrogène par fermentation s'applique à une large gamme de substrats organiques qu'il s'agisse d'hydrates de carbone purs ou non, de déchets organiques ou autres résidus agricoles. L'hydrogène ainsi produit serait de l'hydrogène « biosourcé » (ou biohydrogène).
Néanmoins, les limites à l'industrialisation de la production de dihydrogène par fermentation restent nombreuses. Les rendements moyens de conversion des hydrates de carbone, à l'échelle pilote, et dans de bonnes conditions de productivité, restent inférieurs à
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alors qu'il faudrait atteindre les
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pour obtenir une conversion totale, c'est-à-dire 1,6 L d'hydrogène...