3. Quelle(s) méthode(s) utiliser ?
Il est relativement difficile de conseiller l'utilisation d'une méthode de criblage virtuel par rapport à une autre sachant qu'elles ont toutes des forces et faiblesses mais qu'aucune d'entre elles ne surpasse systématiquement les autres. La première erreur à ne pas commettre est de croire que la qualité des résultats dépend du niveau de complexité de la méthode. Le criblage virtuel est un exercice de pragmatisme visant à intégrer toutes les données expérimentales possibles afin de guider la sélection de la meilleure méthode en fonction du contexte.
Par exemple, la recherche d'inhibiteurs d'une protéine de structure connue mais pour laquelle aucun inhibiteur n'a jamais été trouvé passe obligatoirement par une approche 3D basée sur la structure de la cible (arrimage moléculaire, design
de novo
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