Transplantations de microbiotes

L’extrême importance des écosystèmes bactériens humains est de plus en plus reconnue. Nos différents microbiotes que sont ces immenses populations bactériennes avec lesquelles nous vivons en constante symbiose et qui jouent un rôle majeur dans notre équilibre physiologique, retiennent particulièrement l’attention depuis 2005, notamment bien au-delà des classiques maladies infectieuses qui faisaient que jusqu’à présent les bactéries étaient regardées avec un a priori très négatif. Cela d’autant plus que les techniques d’étude des microbiotes humains deviennent de plus en plus performantes. La métagénomique (une méthode moléculaire) a permis des progrès considérables, et maintenant les progrès de la culture microbienne permettent l’isolation de beaucoup plus de bactéries fastidieuses. Parallèlement de nombreuses études ont mis en évidence la survenue de profonds déséquilibres de nos écosystèmes bactériens des muqueuses et de la peau dans nombre de pathologies : colonisation par Clostridium difficile après antibiothérapie, diabète, obésité, maladies neurodégénératives, cancer colorectal pour l’écosystème bactérien intestinal ; la vaginose (dysbiose vaginale) dans laquelle le déséquilibre du microbiote est à la fois qualitatif et quantitatif avec diminution, voire disparition, d’une microflore saine majoritairement lactobacillaire remplacée par une flore polymicrobienne anaérobie avec en particulier Gardnerella vaginalis, Prevotella bivia et Atopobium vaginae ; ou enfin pour la flore cutanée associée au psoriasis comme à la dermatite atopique. Aussi lorsqu’une pathologie dépendant d’un profond déséquilibre d’un écosystème est démontrée, il devient une cible thérapeutique et une transplantation du microbiote d’un individu « sain » peut être alors envisagée.