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Simulations de dynamique moléculaire en biochimie

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Simulations de dynamique moléculaire en biochimie

Auteur(s) : Thérèse MALLIAVIN

Date de publication : 10 avril 2003 | Read in english

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1. Cadre du modèle

Les simulations de dynamique moléculaire sont effectuées sur une macromolécule ou un complexe macromoléculaire isolé. On représente, à l’échelle de quelques nanomètres, une solution ou un solide par l’ensemble des coordonnées des atomes le composant, afin de pouvoir simuler à l’aide d’un ordinateur les trajectoires de ces coordonnées au cours du temps. Les méthodes de simulation de dynamique moléculaire ont été développées en physique théorique des liquides dans les années 1980 [37] , et permettent, tout en ne simulant effectivement qu'un seul exemplaire de la macromolécule ou du complexe macromoléculaire étudié, d'étudier l'ensemble des macromolécules similaires présentes dans une même solution. Cela est possible,...

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