Calcul d'une trajectoire de dynamique moléculaire
Simulations de dynamique moléculaire en biochimie

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Calcul d'une trajectoire de dynamique moléculaire
Simulations de dynamique moléculaire en biochimie

Auteur(s) : Thérèse MALLIAVIN

Date de publication : 10 avril 2003 | Read in english

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2. Calcul d'une trajectoire de dynamique moléculaire

Pour un système de N atomes, 6 N valeurs sont nécessaires pour définir l'état du système (trois valeurs de coordonnées et trois valeurs de vitesses par atome). Chaque combinaison de ces valeurs donne un point dans l'espace à 6 N dimensions ; cet espace est appelé espace des phases , et une configuration de la trajectoire est donc une collection de points dans cet espace.

Les calculs de trajectoires de dynamique moléculaire s'effectuent toujours sous l' hypothèse ergodique , c'est-à-dire que la moyenne d'une quantité sur un ensemble de particules équivalentes est égale à la moyenne sur le temps d'une particule. Cet axiome de la mécanique statistique permet...

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