3. Méthodes pratiques de simulation
Il s’agit d’analyser une trajectoire de dynamique moléculaire et de faire le lien avec l'expérience.
3.1 Choix des coordonnées initiales
Les coordonnées initiales du système peuvent avoir différentes origines :
(i) structures de macromolécules déterminées par RMN ou par cristallographie des rayons X ;
(ii) construction des coordonnées atomiques à l’aide d’un logiciel infographique et des valeurs de longueurs et d’angles de liaison (construction in silico) ;
(iii) structures prédites par des méthodes bioinformatiques.
Le cas (i) représente la situation de choix pour démarrer une simulation : en effet, on peut s'appuyer sur une information structurale expérimentale. Les cordonnées des systèmes peuvent...
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Méthodes pratiques de simulation
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