Les champignons marins et leurs applications biotechnologiques

Le milieu marin est constitué d’une multitude d’habitats, s’étendant des zones côtières aux grands fonds océaniques, dans lesquels les communautés microbiennes jouent des rôles essentiels, notamment par leur implication dans les cycles biogéochimiques. Les recherches menées sur ces différents habitats marins, parfois très atypiques, ont permis de mettre en évidence la richesse des communautés microbiennes par des approches toujours plus innovantes. Ces communautés de micro-organismes, très diversifiées et en constante interaction, constituent un vaste champ d’investigation pour les biotechnologies. Les bactéries et les archées, ainsi que quelques micro-eucaryotes, notamment les microalgues, sont les micro-organismes les plus étudiés en milieu marin. Cependant, de récentes études ont clairement démontré la présence et l’activité de communautés fongiques dans de nombreux habitats marins, ouvrant ainsi tout un champ d’investigation pour mieux comprendre leur diversité, leur biomasse, leurs rôles écologiques, leurs interactions biotiques et abiotiques ainsi que leur potentiel biotechnologique.

Si les propriétés singulières des champignons terrestres et les applications biotechnologiques associées, notamment en biotechnologies rouge, blanche et jaune, ne sont plus à démontrer, qu’en est-il des champignons marins ? Ces micromycètes représentent-ils un nouveau gisement de biomolécules, notamment les enzymes, biopolymères et métabolites secondaires ? Après avoir défini le « concept » de champignons marins et présenté la diversité et les fonctions de ces micro-organismes plus ou moins atypiques, un état de l’art des biomolécules produites par ces organismes et susceptibles d’attirer l’attention des opérateurs des biotechnologies (enseignants-chercheurs, chercheurs, ingénieurs et startups/entreprises) sera exposé. Les approches pratiques dédiées au criblage génétique/génomique des champignons marins pour révéler le potentiel de synthèse de métabolites secondaires seront ensuite présentées afin de mettre à disposition les méthodes et pipelines de valorisation existants visant à exploiter le potentiel biotechnologique des champignons marins.