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Nouveaux outils d’étude des composants moléculaires de la cellule, les puces à ADN ont permis la mesure massivement parallèle de la concentration à l’équilibre des ARNm. Un grand nombre d’applications peuvent être envisagées comme l’étude des réseaux génétiques au sein d’une cellule ou l’obtention de signatures moléculaires caractéristiques d’un type de cellule, d’une pathologie ou d’un patient.
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4. Principales utilisations des puces à ADN
4.1 Dynamique du transcriptome
Pour la première fois au milieu des années 1990, les puces à ADN ont permis d’analyser l’expression de milliers de gènes en parallèle. Cette approche a été particulièrement utilisée chez la levure, car tous les gènes étant connus, la totalité du génome de la levure peut être déposé sur une seule puce. Ces premières expériences, qui ont consisté à générer des profils d’expression de systèmes biologiques déjà bien connus tels que le cycle cellulaire de la levure ou la simulation des fibroblastes par le sérum chez l’homme, ont aussi permis de valider la technologie .
Une bonne concordance a été observée entre les variations de gènes connus mesurées par les méthodes traditionnelles (northern RT-PCR, etc.) et les puces à ADN. Depuis, de véritables recueils de profils d’expression ont été réalisés chez la levure avec plus de trois cents conditions expérimentales différentes. Grâce aux études cinétiques réper-toriées, il devient possible d’avoir une idée de la dynamique du transcriptome et des réseaux...
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