Présentation
RÉSUMÉ
Les nouvelles techniques de méta-omiques ont bouleversé le domaine de l’écologie microbienne, notamment grâce à l’apport des nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Cette révolution a aussi été bénéfique en proposant des outils afin de mesurer et de réaliser des diagnostics de la qualité microbiologique des sols. Quels sont les bio-indicateurs utilisés ? Comment sont-ils étudiés et appliqués à grande échelle ? Dans cet article, seront présentées les différentes techniques de méta-omiques illustrées par des exemples validés ou en cours de validation ainsi que les développements futurs afin de répondre à l’enjeu essentiel d’une meilleure compréhension et préservation des sols.
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Christophe DJEMIEL : Post-doctorant à l’INRA de Dijon, docteur en biologie de l’environnement, des populations, écologie de l’université de Lille - UMR 1347 Agroécologie – INRA/université de Bourgogne/AgroSup, pole BIOmE – équipe BIOCOM, Dijon, France
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Sébastien TERRAT : Maître de conférence à l’IUT de Dijon-Auxerre, docteur en écologie microbienne des sols de l’université Blaise Pascal (Clermont II) - UMR 1347 Agroécologie – INRA/université de Bourgogne/AgroSup, pole BIOmE – équipe BIOCOM, Dijon, France
INTRODUCTION
Au cours des deux dernières décennies, l’écologie microbienne n’a pas échappé à l’explosion des données connu sous le terme de « Big Data » (mégadonnées en français), notamment à cause de l’apparition de techniques de séquençage à très haut débit, générant des quantités massives de données . L’utilisation de ces nouvelles technologies regroupées sous le terme de « méta-omiques », associée à l’obtention de matériel biologique (ADN, ARN, protéines) directement d’un écosystème ont permis d’appréhender celui-ci non plus à l’échelle d’un organisme (méthodes « omiques ») mais en caractérisant l’ensemble des communautés d’organismes d’un écosystème . Cette révolution a permis d’accroître nos connaissances sur la complexité du microbiome de différents écosystèmes naturels, comme les sols .
Les sols jouent un rôle central dans de nombreuses fonctions, et leurs microbiomes remplissent de nombreux services écosystémiques pour maintenir une qualité environnementale, ces derniers étant impactés par les activités humaines . Par exemple, les micro-organismes des sols sont impliqués dans de nombreux cycles biogéochimiques, mais aussi dans d’autres fonctions comme la productivité végétale ou la barrière aux pathogènes. De plus, il a été possible d’identifier...
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MOTS-CLÉS
Microbiologie | séquençage à haut débit | méta-omique | diagnostic | bio-indicateur | sol
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CET ARTICLE SE TROUVE ÉGALEMENT DANS :
Nouvelles techniques de méta-omiques pour le diagnostic de la qualité microbiologique des sols
Intérêts des micro-organismes pour évaluer la qualité biologique des sols
Sources bibliographiques
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