La gestion des risques liés aux mycotoxines dans les céréales découle de l'évaluation des risques réalisée. Elle doit se faire au cas par cas, c'est-à-dire pour chaque couple mycotoxine/substrat, du fait de la multiplicité des facteurs agro-climatiques et des techniques culturales entrant en jeu. Elle s'est beaucoup développée depuis 20 ans, mais elle n'est documentée correctement que sur quelques mycotoxines (aflatoxines, ochratoxine A, désoxynivalénol, zéaralènone et fumonisines), ainsi que sur l'ergot (dit « de seigle », mais qui peut se trouver aussi sur d‘autres grains).
Du fait de la grande diversité des situations pouvant être rencontrées, les éléments de gestion présentés ci-après ne concernent que la France et les mycotoxines les plus fréquemment rencontrées.
La gestion du risque « mycotoxines » s'exerce au travers de la législation, au travers de plans de surveillance publics et privés, et au travers d'actions techniques préventives et curatives. Ces dernières concernant les différents stades de travail des grains, depuis la production au champ, la récolte, la conservation, jusqu'à la mise à disposition des industries d'utilisation qui les introduisent dans des produits alimentaires destinés aux humains et aux animaux.