Du code académique au logiciel commercial
Modélisation moléculaire - Offre de logiciels et perspectives

Par « académique », on entend issu de la recherche publique : ces codes sont les créations d'équipes universitaires ou relevant d'un organisme ou laboratoire national. Au cœur de chaque projet se trouve une équipe souvent très réduite, voire un seul individu clé (de grand talent) si tant est que ce dernier bénéficie d'un poste de chercheur ou enseignant-chercheur permanent : les contributions accumulées des doctorants et postdoctorants, chacune sur trois années en moyenne, dont cet individu saura s'entourer, amplifieront évidemment l'envergure du code et réduiront son temps d'émergence. Le point capital est que le projet puisse se développer dans la durée : les codes académiques de référence intègrent généralement le travail de dizaines d'années-chercheurs. Le code devient alors une sorte d'accumulateur permanent des progrès scientifiques dus non seulement à l'équipe qui le développe, mais aussi à sa « concurrence ». Un code qui n'est pas « maintenu » en permanence, non seulement au sens de l'expurgation progressive des inévitables erreurs de programmation (bugs) mais encore au sens de l'actualisation des algorithmes, de l'ajout d'options et méthodes nouvelles, est très rapidement abandonné par la communauté à laquelle il était destiné. Le maintien dans la durée garantit en outre le nombre et la qualité des validations, au travers de problèmes « tests », mais aussi d'un large spectre de cas d'application. La stratégie payante à cet égard est la collaboration, par laquelle en échange de l'accès au code, à sa maintenance, à l'expertise sous-jacente, des équipes partenaires multiplient les études d'applications, dont les résultats feront l'objet de publications communes avec les développeurs. Ces derniers y trouvent le véritable retour de leur investissement dans un contexte marqué par la contrainte bien connue « publish or perish ». En effet, si les grandes avancées méthodologiques sont en elles-mêmes publiables, et publiées dans des revues très prestigieuses, elles restent peu fréquentes, et surtout, il est rare que les mêmes personnalités excellent à la fois sur le front théorique et sur celui de la mise en œuvre informatique. La performance d'un code repose en effet, ici comme ailleurs, sur la qualité des mathématiques appliquées invoquées, sur l'élégance des algorithmes et leur adéquation à la configuration...