Techniques moléculaires de détection de bactéries d’origine alimentaire

Les intoxications alimentaires sont la première cause d’hospitalisation dans le monde. L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies ont signalé environ 360 000 hospitalisations dues à des infections alimentaires confirmées et près de 500 cas mortels dans l’Union européenne en 2016. Les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) sont à déclaration obligatoire. Elles correspondent à au moins deux cas présentant les mêmes symptômes et ayant une même origine alimentaire. En moyenne, 1 380 foyers de TIAC sont déclarés en France chaque année, affectant plus de 12 000 personnes, dont 5 % sont hospitalisées. Lorsqu’une TIAC est déclarée auprès de l’Agence régionale de santé et de la direction départementale de la protection des populations, les aliments suspectés sont analysés afin de déterminer les agents pathogènes responsables. Cependant, l’incidence réelle des infections d’origine alimentaire est fortement sous-estimée pour de nombreuses raisons, parmi lesquelles on peut nommer un diagnostic erroné, l’absence de recherche systématique de nombreux agents bactériens, une sous-déclaration (en particulier des épidémies mineures) ainsi qu’une collecte incorrecte des échantillons.

Le contrôle bactérien des aliments est une question cruciale de sécurité alimentaire. L’importance de cette pratique est illustrée sur le marché européen par les kits de détection des agents pathogènes qui représentent 4 milliards d’euros en 2018. Il est prévu qu’ils atteignent 6,5 milliards d’euros en 2025. Les épidémies causées par des bactéries partagent une symptomatologie commune (diarrhée, fièvre, vomissements), ce qui rend difficile l’identification de l’agent causal. Parmi les infections bactériennes, la salmonellose , la campylobactériose et les infections aux Escherichia coli productrices de shiga toxines sont responsables de la grande majorité des maladies, des hospitalisations et des décès. Bien que la listériose ne soit pas fréquente, Listeria monocytogenes ayant une prévalence moins élevée que Campylobacter ou Salmonella , c’est une des maladies d’origine alimentaire les plus mortelles, avec une issue fatale dans environs 37 % des cas.

Les méthodes de détection et de dénombrement bactériens à partir des matrices alimentaires sont traditionnellement basées sur la culture bactérienne sur des boites d’agar. Ces méthodes sont sensibles et sélectives mais peu adaptées aux besoins...