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Lire l’articleINTRODUCTION
L'architecture RDISK est un système prototype composé d'un cluster de 48 nœuds spécialisés comprenant chacun un disque dur étroitement connecté à un composant FPGA. L'objectif est de filtrer les banques de données génomiques à la volée, c'est-à-dire sans ralentir la lecture d'information en provenance des disques. En fonction de la nature des requêtes, le système se reconfigure automatiquement.
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4. Applications
Le système RDISK a été testé sur plusieurs types d'applications bioinformatiques et a prouvé son efficacité par rapport à l'usage d'un cluster standard. Nous décrivons maintenant deux applications. La première est générique et concerne le problème standard de recherche de similarité dans les banques . La seconde est un exemple plus concret qui montre les performances du système sur un pipeline logiciel bioinformatique mis au point en collaboration avec le laboratoire Génétique et Développement (unité CNRS UMR6061) pour la découverte de nouveaux gènes liés à l'odorat chez le chien .
4.1 Recherche de similarités dans les banques
Laboratoire génétique et développement
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BIBLIOGRAPHIE
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