Article de référence | Réf : IN89 v1

RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques

Auteur(s) : Dominique LAVENIER

Date de publication : 10 août 2008

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INTRODUCTION

L'architecture RDISK est un système prototype composé d'un cluster de 48 nœuds spécialisés comprenant chacun un disque dur étroitement connecté à un composant FPGA. L'objectif est de filtrer les banques de données génomiques à la volée, c'est-à-dire sans ralentir la lecture d'information en provenance des disques. En fonction de la nature des requêtes, le système se reconfigure automatiquement.

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De la conception au prototypage, jusqu'à l'industrialisation, la référence pour sécuriser le développement de vos projets industriels.

DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-in89


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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - GENBANK, BENSON (D.A.), KARSCH-MIZRACHI (I.), LIPMAN (D.J.), OSTELL (J.), WHEELER (D.L.) -   *  -  Nucleic Acids Res., 35, (Database issue), D21-5, janv. 2007.

  • (2) - LIOLIOS (K.), TAVERNARAKIS (N.), HUGENHOLTZ (P.), KYRPIDES (N.C.) -   The Genomes On Line Database (GOLD) v.2 : a monitor of genome projects worldwide.  -  Nucleic Acids Res., 34, (Database issue), D332-4, 1 janv. 2006.

  • (3) - NEEDLEMAN (S.), WUNSCH (C.) -   A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins.  -  J. Mol. Biol., 48(3), p. 443-53 (1970).

  • (4) - SMITH (T.F.), WATERMAN (M.S.) -   Identification of common molecular subsequences.  -  J. Mol. Biol., 147(1), p. 195-7, 25 mars 1981.

  • (5) - LAVENIER (D.), GIRAUD (M.) -   Bioinformatics Applications. In Reconfigurable Computing : Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays.  -  GOKHALE (M.B.), GRAHAM (P.S.) editor, chapter 9, Springer (2005).

  • ...

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