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Christine VERNOZY-ROZAND : Thèse de doctorat de 3 cycle (Ph. D), Habilitation à diriger des recherches (HDR) - Maître de conférences à l’École nationale vétérinaire de Lyon
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Les toxi-infections alimentaires affectent plus de dix mille personnes en France chaque année sur lesquelles nous n’enregistrons heureusement que quelques décès à l’opposé des États-Unis où les décès annuels dus aux intoxications alimentaires se comptent par centaines. Les bactéries pathogènes le plus souvent citées sont les salmonelles (plus de 50 % des cas), Staphylococcus aureus et Clostridium perfringens. Il faut également noter l’émergence de nouveaux pathogènes comme Yersinia enterocolitica, Listeria monocytogenes, E. coli O157 : H7, Aeromonas spp, Plesiomonas spp. Les changements de mode de vie (prise de nombreux repas à l’extérieur du domicile familial) expliquent la recrudescence des accidents alimentaires collectifs. Les industriels agroalimentaires ont besoin de méthodes rapides pour apprécier la qualité hygiénique des denrées produites et pouvoir maîtriser efficacement leurs procédés de fabrication. Ils veulent disposer de méthodes d’analyse leur permettant de commercialiser leurs produits sans attendre 4 à 5 jours comme c’est le cas actuellement avec les méthodes microbiologiques traditionnelles d’isolement et d’identification. Les méthodes de détection rapide sont également importantes pour vérifier la qualité microbiologique des matières premières entrant dans la composition d’un produit.
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3. Limites des méthodes rapides de microbiologie alimentaire
Malgré l’introduction récente des méthodes rapides en microbiologie alimentaire, nous avons pu assister à une véritable explosion de ces tests dans les dix dernières années. Par exemple, pour les salmonelles, il existe plus de 20 kits de détection rapide. Tout le monde s’accorde à dire que ces méthodes rapides sont souvent plus sensibles et spécifiques que les méthodes dites traditionnelles. Moins de 4 heures sont souvent nécessaires pour la réalisation de ces tests. Mais il convient de préciser que l’adjectif « rapide » est parfois utilisé de manière abusive. En effet, ces méthodes ne peuvent pas être utilisées directement à partir de l’aliment. Il est presque toujours nécessaire de réaliser une phase d’enrichissement traditionnelle pour augmenter de manière sélective la bactérie pathogène cible et cette étape prend du temps. Les méthodes rapides suivent toujours cette phase. Ainsi, le temps réel de l’analyse alimentaire est souvent de 1 à 2 jours ; certes plus court que lors de l’utilisation de la méthode traditionnelle. Ces nouvelles méthodes rapides doivent faire l’objet d’une validation nationale ou internationale avant d’être utilisées en routine dans les laboratoires d’analyses alimentaires. Ces validations nécessitent des études collaboratives entre différents laboratoires. Cette validation est longue et coûteuse. Ainsi de nombreuses méthodes rapides actuellement commercialisées ne sont toujours pas validées (validation AFNOR, validation AOAC) et on peut légitimement se demander quelles sont leurs performances en terme de sensibilité et de spécificité. En outre, la plupart des méthodes rapides utilisées sur le marché ne peuvent être utilisées qu’en dépistage . Un résultat négatif donné par la méthode est considéré comme définitif mais un résultat positif ne doit être considéré que présomptif. Il faudra toujours procéder à une confirmation de ce résultat en utilisant des méthodes traditionnelles de type isolement sur milieu sélectif.
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