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Polymorphisme - Conséquences en pharmacieArticle de référence | Réf : P1110 v2
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Auteur(s) : Jean CAVARELLI
Date de publication : 10 juin 2019
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La cristallographie des macromolécules biologiques occupe une place centrale dans la biologie moderne car la structure tridimensionnelle d’une macromolécule ou d’un complexe macromoléculaire permet d’apporter un éclairage neuf et original qui est essentiel pour comprendre la fonction biologique. C’est le plus souvent une révolution, et plusieurs prix Nobel ont couronné les succès les plus marquants. La purification de la (ou des) macromolécule(s) et l’obtention de cristaux de qualité (limite de diffraction meilleure que 3 Å) reste toujours deux étapes limitantes d’un projet structural.
Cet article qui présente les premières étapes du processus cristallographie doit être complété par l’article [P 1 111]. Les années 2000-2018 ont été riches en révolutions technologiques et méthodologiques. Poussés par des défis et challenges posés par la biologie en particulier, des investissements massifs dans les secteurs publics et privés ont été réalisés en cristallographie. Dans les cas simples, on détermine en routine des structures 3D à partir d’un nombre très limité de cristaux, parfois de très petites tailles (quelques μm) et cela avec un minimum d’intervention humaine. On entend ici par cas simple, des macromolécules qui, dans l’état actuel des connaissances méthodologiques et technologiques, peuvent être facilement purifiées et cristallisées, qui présentent un pouvoir de diffraction suffisant et pour lesquelles le problème des phases peut être résolu de manière classique (en particulier par la méthode MAD/SAD ou par la méthode du (rem)placement moléculaire).
Il faut parfois plusieurs mois ou plusieurs années d’investissements et de travail (voir parfois d’acharnement) en biochimie et en biophysique pour obtenir un échantillon de qualité qui donne des cristaux. Les collectes des données de diffraction sur un site synchrotron sont synonymes d’automatisation et robotisation procurant de nombreux outils technologiques et méthodologiques qui permettent de collecter des données complètes de diffraction de la meilleure qualité en quelques minutes. Cela reste...
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(1) - GRIMES (J.M.), HALL (D.R.), ASHTON (A.W.), EVANS (G.), OWEN (R.L.), WAGNER (A.), McAULEY (K.E.), von DELFT (F.), ORVILLE (A.M.), SORENSEN (T.) et al - Where is crystallography going ? - Acta Crystallogr. D. Struct. Biol., 74, p. 152-166 (2018).
(2) - HELLIWELL (J.R.) - New developments in crystallography : exploring its methods, technology and scope in the molecular biosciences. - Biosci. Rep. (2017).
(3) - GRABOWSKI (M.), NIEDZIALKOWSKA (E.), ZIMMERMAN (M.D.), MINOR (W.) - The impact of structural genomics : the first quindecennial. - J. Struct. Funct. Genomics, 17, p. 1-16 (2016).
(4) - NG (J.T.), DEKKER (C.), REARDON (P.), von DELFT (F.) - Lessons from ten years of crystallization experiments at the SGC. - Acta Crystallogr. D. Struct. Biol., 72(Pt 2), p. 224-235 (2016).
(5) - SCHIEBEL (J.), RADEVA (N.), KRIMMER (S.G.), WANG (X.), STIELER (M.), EHRMANN (F.R.) et al - Six biophysical screening methods miss a large proportion of crystallographically discovered fragment hits : a case study. - ...
Biologie structurale intégrative et plateformes technologiques
à l’echelle européenne, Instruct-ERIC https://www.structuralbiology.eu
une infrastructure francaise, FRISBI http://frisbi.eu
Structural biology knowledgebase http://sbkb.org/
Sources de rayonnement synchrotron
« A Structural Biologist’s Guide to High Energy Data Collection Facilities » http://biosync.sbkb.org
« the world’s light source facilities » https://lightsources.org/
SOLEIL https://www.synchrotron-soleil.fr/
ESRF http://www.esrf.eu/
Source XFEL européenne
« European XFEL » https://www.xfel.eu
Détecteurs
Pilatus et Eiger https://www.dectris.com/
Outils pour la cristallisation
Hampton Research https://hamptonresearch.com
Molecular Dimensions https://www.moleculardimensions.com
Qiagen https://www.qiagen.com
Jena Bioscience https://www.jenabioscience.com/
Pipelines de références en biocristallographie
Phenix ...
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