D’électrophorèse capillaire est une technique d’analyse de composés en phase liquide, que ceux-ci soient des petits ions inorganiques, des petites molécules telles que des acides aminés, des peptides ou des principes actifs pharmaceutiques, ou des macromolécules telles que des protéines, des polymères et de l’ADN, voire des nanoparticules ou des virus. Elle est mise en œuvre au sein d’un capillaire de faible diamètre interne (quelques dizaines de micromètres) rempli d’un électrolyte de séparation et requiert l’application d’un champ électrique. Comme la chromatographie en phase liquide, il existe plusieurs modes de séparation en fonction de la composition de l’électrolyte et de la présence éventuelle d’une phase stationnaire dans le capillaire, et qui permettent la séparation des composés en fonction de leur rapport charge sur taille, de leur hydrophobicité, de leur chiralité, de leur taille ou de leur point isoélectrique par exemple. Cette diversité de mécanismes de séparation, alliée à de très grandes efficacités, des analyses rapides, automatisées, peu coûteuses et miniaturisées rendent cette technique incontournable dans de nombreuses applications. Cet article présente les différents paramètres influant sur la séparation des composés, définit les grandeurs fondamentales et décrit les différents phénomènes pouvant conduire à une diminution des performances de l’analyse. Le principe de chaque mode de séparation en électrophorèse capillaire est présenté et illustré par des exemples d’application variés (ions inorganiques, médicaments, polluants, protéines, ADN...).