Cartes de densité électronique
Biocristallographie - De la détermination des phases à la structure cristallographique

INTRODUCTION

1 - PRÉAMBULE À LA DÉTERMINATION DES PHASES

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2 - MÉTHODE DE LA SÉRIE ISOMORPHE

• 2.1 - Détermination des phases : cas idéal
• 2.2 - Détermination des phases : cas réel
• 2.3 - Obtention des dérivés lourds
• 2.4 - Détermination de la position des atomes lourds

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3 - UTILISATION DE LA DIFFUSION ANOMALE

• 3.1 - Travail à une seule longueur d’onde. Formalisme SAD. Vision graphique
• 3.2 - Travail à plusieurs longueurs d’ondes. Formalisme MAD. Vision graphique
• 3.3 - Travail à plusieurs longueurs d’ondes. Formalisme MAD. Mathématiques
• 3.4 - Incorporation des diffuseurs anomaux
• 3.5 - Détermination des f  ’ et f  ’’
• 3.6 - Développements et perspectives

4 - REMPLACEMENT MOLÉCULAIRE

• 4.1 - Fonction de rotation
• 4.2 - Fonction de translation
• 4.3 - Remarques
• 4.4 - Détermination des phases

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5 - CARTES DE DENSITÉ ÉLECTRONIQUE

• 5.1 - Définitions
• 5.2 - Amélioration par des méthodes de modification de densité
• 5.3 - Extension des phases
• 5.4 - Construction de la structure

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6 - AFFINEMENT D’UNE STRUCTURE CRISTALLOGRAPHIQUE

• 6.1 - Préambule
• 6.2 - Principes
• 6.3 - Méthodes de moindres carrés
• 6.4 - Méthodes de la dynamique moléculaire
• 6.5 - Maximum de vraisemblance
• 6.6 - Carte de densité électronique
• 6.7 - Particularités des macromolécules biologiques

7 - VALIDATION ET CONTRÔLE QUALITÉ DES STRUCTURES

8 - BASE DE DONNÉES PDB

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9 - ÉTAT DES LIEUX ET DÉVELOPPEMENTS

• 9.1 - Génomique structurale, années 2000-2010
• 9.2 - Cristallographie en série et microcristallographie
• 9.3 - Promesses du XFEL
• 9.4 - Cristallographie et microscopie électronique

10 - PROGRAMMES EN BIOCRISTALLOGRAPHIE

11 - CONCLUSION

TEST DE VALIDATION