Le terme de remplacement moléculaire représente une famille de techniques dont l’objet est d’utiliser la présence d’une macromolécule, d’une sous-unité de macromolécule, ou d’un fragment de macromolécule, dans différents environnements cristallographiques, pour déterminer ou améliorer des phases initiales.
C’est la méthode de choix lorsque la macromolécule à étudier (molécule cible) est parente à une autre, dont la structure tridimensionnelle est connue (molécule sonde). Environ 60 % des structures actuellement déposées à la PDB (§ 8) ont été résolues par cette méthode de phasage. Ce qui est important ici, c’est la parenté structurale, c’est-à-dire la similitude du repliement tridimensionnel. Cette similarité structurale est en général mise en évidence par des méthodes d’analyse des séquences. La méthode du remplacement moléculaire n’utilise que les modules des facteurs de structures de la protéine native sans nécessité d’ajout d’atomes supplémentaires. Pour utiliser cette méthode, on doit disposer :
Le terme remplacement moléculaire est à vrai dire impropre et on devrait plutôt utiliser le terme de placement moléculaire car il s’agit en fait de placer une molécule connue dans la maille cristalline de la molécule à résoudre. Chaque molécule dans l’unité asymétrique est caractérisée par son orientation et sa position, soit par 6 paramètres. Si l’unité asymétrique contient N molécules, il s’agit donc d’un problème...
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