Article de référence | Réf : RE241 v1

Perspectives et évolutions
Microfluidique et ADN tumoral - Apport de la PCR digitale

Auteur(s) : Philippe NIZARD, Aurélie KROL, Pierre LAURENT-PUIG, Valérie TALY

Date de publication : 10 févr. 2015

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RÉSUMÉ

La PCR (réaction de polymérisation en chaîne) digitale représente un saut technologique dans la détection et la quantification de séquences rares d'ADN, comme certaines mutations spécifiques des tumeurs. La détection de ces séquences est d'un grand intérêt pour la prise en charge clinique des patients. En effet, leur détection dans les tumeurs ou les fluides biologiques, comme le plasma ou l'urine, pourrait permettre d'adapter le traitement aux caractéristiques moléculaires précises de la tumeur et de limiter les risques de récidive. Après une rapide présentation du contexte des recherches, l'article se penche sur le cancer et ses biomarqueurs, afin d'enchaîner sur l'émergence de la PCR digitale, et enfin explore les perspectives et potentielles évolutions de la PCR digitale.

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ABSTRACT

Digital PCR (polymerase chain reaction) is a way to cross the technological gap in detection and quantification of rare DNA sequences, such as mutations found in tumors. Detection of these rare sequences is of high importance for improving cancer patient care. Their detection in tumors or in biological fluids such as plasma or urine could allow the adaptation of treatment to the precise molecular characteristics of the tumor, and limit risks of recurrence, thereby increasing patient survival. After a brief introduction of the research described, this article first discusses cancer and its biomarkers, then follows with the emergence of digital PCR, and lastly explores the perspectives and potential evolution of digital PCR.

Auteur(s)

  • Philippe NIZARD : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Aurélie KROL : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Pierre LAURENT-PUIG : PU-PH, Directeur de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Valérie TALY : Chargée de recherche CNRS (CR1) - Responsable du groupe « Recherche translationnelle et microfluidique », Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

INTRODUCTION

Points clés

Domaine : Analyse génétique

Degré de diffusion de la technologie : Émergence | Croissance | Maturité

Technologies impliquées : Microfluidique, PCR digitale, PCR, PCR quantitative, biologie moléculaire

Domaines d'application : Recherche de biomarqueurs du cancer

Principaux acteurs français : GDR Micro et Nano Fluidique

Contact : [email protected] ; [email protected]

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DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-re241


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4. Perspectives et évolutions

Couplée aux récents développements des séquenceurs de nouvelles générations, la commercialisation récente d'appareils de PCR digitale, et leur utilisation de plus en plus fréquente, devrait avoir un impact important sur la compréhension des processus complexes de la transformation d'une cellule saine en cellule cancéreuse. En effet, la caractérisation moléculaire des cellules cancéreuses et la corrélation entre la présence de certaines mutations et la résistance à des thérapies classiques ont permis de développer de nouveaux traitements et de proposer des traitements personnalisés dans le cadre de thérapie ciblée. L'évolution des coûts de ces deux technologies devrait conditionner, en partie, l'essor de la PCR digitale.

Un des avantages de la PCR digitale par rapport à la qPCR est que la qPCR nécessite des courbes de calibration (qui peuvent varier d'un laboratoire à l'autre et même entre deux expériences au sein d'un même laboratoire) pour la quantification, alors que la PCR digitale offre la possibilité de s'affranchir de ces variations. De plus, la PCR digitale a été décrite comme plus tolérante que la qPCR à la présence de substances inhibitrices . Cette technologie ne devrait pas supplanter la qPCR, cependant elle est en passe de devenir indispensable comme approche complémentaire offrant à la fois une meilleure sensibilité et une quantification précise.

Pour l'instant, cette technique est utilisée en recherche, mais n'est pas encore utilisée en routine clinique. Son utilisation en clinique participerait à une meilleure prise en charge du patient grâce à une détection plus précoce de la maladie ou au choix du traitement le plus adapté le plus tôt possible. La PCR digitale a également un grand potentiel pour d'autres applications comme le diagnostic prénatal, et le dosage viral. Dans le cas du diagnostic prénatal, la détection d'anomalies génétiques à partir du sang maternel est une alternative aux techniques invasives et risquées pour le fœtus.

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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - KRZYSZTOF (C.), TOMASZ (S.K.), SLAWOMIR (J.) et al -   Rapid screening of antibiotic toxicity in an automated microdroplet system.  -  Lab. Chip., 12, p. 1629-1637 (2012).

  • (2) - BROUZES (E.), MEDKOVA (M.), SAVENELLI (N.) et al -   Droplet microfluidic technology for single-cell high-throughput screening.  -  Proc. Natl. Acad. Sci., États-Unis, 106, p. 14195-14200 (2009).

  • (3) - STRAIN (M.C.), LADA (S.M.), LUONG (T.) et al -   Highly precise measurement of HIV DNA by droplet digital PCR.  -  PLoS One, 8 (2013).

  • (4) - EVANS (M.I.), WRIGHT (D.A.), PERGAMENT (E.) et al -   Digital PCR for noninvasive detection of aneuploidy : power analysis equations for feasibility.  -  Fetal diagnosis and therapy, 31, p. 244-247 (2012).

  • (5) - TALY (V.), PEKIN (D.), EL ABED (A.), LAURENT-PUIG (P.) -   Detecting biomarkers with microdroplet technology.  -  Trends. Mol. Med., 18, p. 405-416 (2012).

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