Contexte
Microfluidique et ADN tumoral - Apport de la PCR digitale
RE241 v1 RECHERCHE ET INNOVATION

Contexte
Microfluidique et ADN tumoral - Apport de la PCR digitale

Auteur(s) : Philippe NIZARD, Aurélie KROL, Pierre LAURENT-PUIG, Valérie TALY

Date de publication : 10 févr. 2015 | Read in English

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RÉSUMÉ

La PCR (réaction de polymérisation en chaîne) digitale représente un saut technologique dans la détection et la quantification de séquences rares d'ADN, comme certaines mutations spécifiques des tumeurs. La détection de ces séquences est d'un grand intérêt pour la prise en charge clinique des patients. En effet, leur détection dans les tumeurs ou les fluides biologiques, comme le plasma ou l'urine, pourrait permettre d'adapter le traitement aux caractéristiques moléculaires précises de la tumeur et de limiter les risques de récidive. Après une rapide présentation du contexte des recherches, l'article se penche sur le cancer et ses biomarqueurs, afin d'enchaîner sur l'émergence de la PCR digitale, et enfin explore les perspectives et potentielles évolutions de la PCR digitale.

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Auteur(s)

  • Philippe NIZARD : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Aurélie KROL : Ingénieur de recherche au sein de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Pierre LAURENT-PUIG : PU-PH, Directeur de l'UMRS1147, Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

  • Valérie TALY : Chargée de recherche CNRS (CR1) - Responsable du groupe « Recherche translationnelle et microfluidique », Université Sorbonne Paris Cité, INSERM UMR-S1147, centre universitaire des Saints-Pères, Paris, France

INTRODUCTION

Points clés

Domaine : Analyse génétique

Degré de diffusion de la technologie : Émergence | Croissance | Maturité

Technologies impliquées : Microfluidique, PCR digitale, PCR, PCR quantitative, biologie moléculaire

Domaines d'application : Recherche de biomarqueurs du cancer

Principaux acteurs français : GDR Micro et Nano Fluidique

Contact : [email protected] ; [email protected]

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DOI (Digital Object Identifier)

https://doi.org/10.51257/a-v1-re241

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1. Contexte

L'utilisation de la microfluidique a été récemment validée dans des tests de criblage haut débit et dans des tests diagnostiques. En particulier, la microfluidique en gouttelettes, qui utilise des gouttes de l'ordre du nanolitre (nL) au picolitre (pL) comme compartiments réactionnels pour des réactions biologiques, a démontré sa pertinence dans de nombreux champs d'applications.

Par exemple, la compatibilité des matériaux utilisés avec l'incubation de matériel biologique vivant a permis d'adapter des tests de cytotoxicité au format microfluidique, pour le criblage d'antibiotiques sur des bactéries  ou de médicaments sur des cellules eucaryotes .

Une autre de ces applications, qui sera développée ici, est la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) au format digital qui consiste à réaliser la réaction de PCR dans un grand nombre de compartiments (entre des centaines et des millions de compartiments). La distribution de l'échantillon dans ces compartiments est réalisée de manière à n'avoir, idéalement, au plus qu'une seule séquence cible par compartiment. La lecture des résultats est réalisée par le comptage du nombre de compartiments positifs (où une amplification a eu lieu) et le nombre de compartiments négatifs.

La PCR digitale utilisée comme outil de détection quantitative de séquences rares d'ADN pourrait avoir un impact important en médecine dans la détection de virus ...

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BIBLIOGRAPHIE

  • (1) - KRZYSZTOF (C.), TOMASZ (S.K.), SLAWOMIR (J.) et al -   Rapid screening of antibiotic toxicity in an automated microdroplet system.  -  Lab. Chip., 12, p. 1629-1637 (2012).

  • (2) - BROUZES (E.), MEDKOVA (M.), SAVENELLI (N.) et al -   Droplet microfluidic technology for single-cell high-throughput screening.  -  Proc. Natl. Acad. Sci., États-Unis, 106, p. 14195-14200 (2009).

  • (3) - STRAIN (M.C.), LADA (S.M.), LUONG (T.) et al -   Highly precise measurement of HIV DNA by droplet digital PCR.  -  PLoS One, 8 (2013).

  • (4) - EVANS (M.I.), WRIGHT (D.A.), PERGAMENT (E.) et al -   Digital PCR for noninvasive detection of aneuploidy : power analysis equations for feasibility.  -  Fetal diagnosis and therapy, 31, p. 244-247 (2012).

  • (5) - TALY (V.), PEKIN (D.), EL ABED (A.), LAURENT-PUIG (P.) -   Detecting biomarkers with microdroplet technology.  -  Trends. Mol. Med., 18, p. 405-416 (2012).

  • ...

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