La chromatographie planaire se distingue nettement de la chromatographie classique, et plusieurs types de détection sont possibles : en discontinu, en continu. Les méthodes d'analyse qui en découlent sont soit qualitatives (détection visuelle) soit quantitatives (densitométrie). Dans cette dernière configuration, la plaque chromatographique peut être alors considérée comme une colonne plate à usage unique. Après grattage de la zone où la substance a été localisée, la phase stationnaire est séparée du soluté et soumis à une technique de spectrométrie (infrarouge, de masse...).
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