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Biopuces dynamiques et imagerie en mode de plasmon de surfaceArticle de référence | Réf : P3312 v1
Auteur(s) : Alexia ORTIZ, Caroline TOKARSKI, Christian ROLANDO
Date de publication : 10 sept. 2011
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4.1 Quantification différentielle
4.1.1 Marquage métabolique isotopique
La technique de marquage métabolique isotopique repose sur l'utilisation de milieux de culture modifiés incorporant des acides aminés marqués à la place d'acides aminés natifs. Ainsi, les protéines provenant de cellules issues de ces milieux de culture modifiés incorporent dans leurs séquences les acides aminés marqués. En conséquence, cette technique limite le domaine d'application aux protéines issues de cellules en culture. La méthodologie d'incorporation isotopique a été présentée pour la première fois en 2002 par Matthias Mann et collaborateurs, dans le cadre d'une analyse protéomique différentielle comparant des échantillons issus de milieux de culture non modifiés à des échantillons issus de milieux de culture modifiés ; la technique est appelée SILAC pour Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture . L'analyse différentielle se fait alors à partir des spectres MS ou des chromatogrammes d'ions extraits en comparant les aires sous les pics obtenus pour les peptides incorporant les acides aminés légers (natifs) et les acides aminés lourds. Par exemple, la figure 8 présente un spectre MS comportant un peptide incorporant une lysine native (lysine « légère » C6H12N2O) et un peptide incorporant une lysine « lourde » 13C6H1215N2O. Le Δm du couple peptidique est caractéristique de l'écart de masse (m /z avec z = 3 ici) entre lysine légère et lourde. Ici, le peptide comportant la lysine lourde est légèrement sous exprimé. Les acides aminés marqués les plus couramment...
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(1) - KAHN (P.) - * - Science, 20, p. 369-370 (1995).
(2) - WILKINS (M.R.), SANCHEZ (J.C.), GOOLEY (A.A.), APPEL (R.D.), HUMPHERY-SMITH (I.), HOCHSTRASSER (D.F.), WILLIAMS (K.L.) - * - Biotechnology and Genetic Engineering Reviews, 13, p 19-50 (1995).
(3) - HERBERT (B.) - Electrophoresis. - 20, p. 660-663 (1999).
(4) - MOLLOY (M.P.) - * - Analytical Biochemistry, 280, p. 1-10 (2000).
(5) - RABILLOUD (T.) - Electrophoresis. - 19, p. 758-760 (1998).
(6) - RABILLOUD (T.), BLISNICK (T.), HELLER (M.), LUCHE (S.), AEBERSOLD (R.), LUNARDI (J.), BRAUN-BRETON (C.) - Electrophoresis. - 20, p. 3603-3610 (1999).
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