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Intensification écologique des sols en agriculture tropicale : rôles de la biodiversité des solsArticle de référence | Réf : GE1059 v1
Auteur(s) : Pascal PIVETEAU
Date de publication : 10 avr. 2020
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Les sols sont des systèmes très complexes aussi bien du point de vue physico-chimique que biologique. En particulier, les sols sont très riches en micro-organismes et la diversité de son microbiote est remarquable. La combinaison de ces caractéristiques physico-chimiques et biotiques fait que chaque sol est unique. Ces systèmes très dynamiques sont le siège d’interactions très complexes entre les organismes qu’ils hébergent et entre les organismes et leur environnement abiotique. Par ailleurs, les sols agricoles et certains sols forestiers sont des systèmes ouverts qui reçoivent des flux d’intrants (produits fertilisants, phytosanitaires, semences et plants, eau d’irrigation) pour optimiser les productions. Les sols agricoles sont donc sous une forte pression anthropique.
Certains micro-organismes dangereux pour la santé humaine et animale peuvent être détectés dans les sols. Afin de limiter les risques de contamination des matières premières à destination alimentaire, il est important de limiter les flux de pathogènes dans les agroenvironnements et tenter d’enrayer les voies de contamination qui pourraient générer un risque de santé publique. Quand ils sont détectés, il est parfois difficile de savoir si la présence des pathogènes est ponctuelle et temporaire ou au contraire s’ils sont susceptibles de persister pendant de longues périodes. En effet, de très nombreux facteurs impactent le devenir de ces pathogènes après leur introduction dans le sol. Tout d’abord, les caractéristiques intrinsèques propres à chaque espèce dotent le pathogène d’un potentiel de survie plus ou moins important pour répondre aux conditions environnementales rencontrées dans les sols. Citons par exemple la présence prolongée des spores bactériennes pour les bactéries pathogènes aptes à former ces formes de résistance aux conditions défavorables. De plus, au sein d’une même espèce de pathogène, une biodiversité intraspécifique existe et fait que certains représentants de l’espèce seront plus adaptés aux caractéristiques du sol que d’autres. Autrement dit, les durées de persistance dans le sol varient au sein même d’une espèce pathogène.
À ces différences intrinsèques viennent s’ajouter l’ensemble des caractéristiques du sol. On parlera alors de « facteurs extrinsèques ». Ceux-ci sont tout aussi nombreux. Tout d’abord, la persistance des pathogènes dépend de la composition...
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GÉNIE ÉCOLOGIQUE
(1) - NESME (J.), SIMONET (P.) - The soil resistome : a critical review on antibiotic resistance origins, ecology and dissemination potential in telluric bacteria. - Environmental Microbiology, 17(4) : p. 913-930 (2015).
(2) - SAMANTA (A.) et al - Pig farm environment as a source of beta-lactamase or AmpC-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli. - Annals of Microbiology, 68(11) : p. 781-791 (2018).
(3) - HOLVOET (K.) et al - Moderate Prevalence of Antimicrobial Resistance in Escherichia coli Isolates from Lettuce, Irrigation Water, and Soil. - Applied and Environmental Microbiology, 79(21) : p. 6677-6683 (2013).
(4) - HARTMANN (A.) et al - Occurrence of CTX-M producing Escherichia coli in soils, cattle, and farm environment in France (Burgundy region). - Frontiers in Microbiology, p. 3 (2012).
(5) - JONES-DIAS (D.), MANAGEIRO (V.), CANICA (M.) - Influence of agricultural practice on mobile bla genes : IncI1-bearing CTX-M, SHV, CMY and TEM in Escherichia coli from intensive farming soils. - Environmental...
Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. Fiches de dangers biologiques transmissibles par les aliments :
https://www.anses.fr/fr/content/fiches-de-dangers-biologiques-transmissibles-par-les-aliments
Institut national de la recherche agronomique, la faune du sol :
http://www7.inra.fr/dpenv/faunedusol.htm
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