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Intensification écologique des sols en agriculture tropicale : rôles de la biodiversité des solsArticle de référence | Réf : GE1059 v1
Auteur(s) : Pascal PIVETEAU
Date de publication : 10 avr. 2020
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Les sols hébergent une très grande biodiversité dans les trois domaines du vivant (bactéries, archées et eucaryotes). Une fraction des micro-organismes susceptibles d’être présents dans les sols est connue pour leur pouvoir pathogène et leurs effets indésirables sur la santé des personnes. Cette catégorie des micro-organismes pathogènes rassemble des bactéries, des mycètes, des protozoaires et des virus (tableau 1 et figure 1). En ce sens, le sol peut être considéré comme un réservoir de pathogènes. La présence de certains micro-organismes pathogènes dans le sol peut être uniquement transitoire. Dans d’autres cas, la persistance sur de longues durées est avérée. Cette première partie traite des diverses catégories de pathogènes rencontrées dans les sols.
D’un point de vue sanitaire, les bactéries pathogènes peuvent être regroupées en plusieurs catégories. Tout d’abord, les bactéries pathogènes dites « alimentaires » regroupent celles pour lesquelles un aliment est le vecteur de la contamination. Le problème majeur de leur présence dans le sol est leur transfert vers les matières premières agricoles à vocation alimentaire. La contamination des matières premières agricoles est en effet une des voies d’entrée des pathogènes dans les filières agroalimentaires. Cet aspect est détaillé dans la partie 4.3.
Dans cette catégorie, Listeria monocytogenes, Salmonella enterica, les pathotypes d’Escherichia coli, Campylobacter jejuni, Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum sont les espèces bactériennes qui peuvent être détectées dans...
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GÉNIE ÉCOLOGIQUE
(1) - NESME (J.), SIMONET (P.) - The soil resistome : a critical review on antibiotic resistance origins, ecology and dissemination potential in telluric bacteria. - Environmental Microbiology, 17(4) : p. 913-930 (2015).
(2) - SAMANTA (A.) et al - Pig farm environment as a source of beta-lactamase or AmpC-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli. - Annals of Microbiology, 68(11) : p. 781-791 (2018).
(3) - HOLVOET (K.) et al - Moderate Prevalence of Antimicrobial Resistance in Escherichia coli Isolates from Lettuce, Irrigation Water, and Soil. - Applied and Environmental Microbiology, 79(21) : p. 6677-6683 (2013).
(4) - HARTMANN (A.) et al - Occurrence of CTX-M producing Escherichia coli in soils, cattle, and farm environment in France (Burgundy region). - Frontiers in Microbiology, p. 3 (2012).
(5) - JONES-DIAS (D.), MANAGEIRO (V.), CANICA (M.) - Influence of agricultural practice on mobile bla genes : IncI1-bearing CTX-M, SHV, CMY and TEM in Escherichia coli from intensive farming soils. - Environmental...
Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. Fiches de dangers biologiques transmissibles par les aliments :
https://www.anses.fr/fr/content/fiches-de-dangers-biologiques-transmissibles-par-les-aliments
Institut national de la recherche agronomique, la faune du sol :
http://www7.inra.fr/dpenv/faunedusol.htm
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