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Intensification écologique des sols en agriculture tropicale : rôles de la biodiversité des solsArticle de référence | Réf : GE1059 v1
Auteur(s) : Pascal PIVETEAU
Date de publication : 10 avr. 2020
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Dans les systèmes alimentaires, le sol des parcelles cultivées peut être considéré comme une plaque tournante des voies de transmission des pathogènes de l’environnement vers les matières premières agricoles en cours de production (figure 5). Bien que simplifiée, cette figure montre la complexité des mécanismes de transfert des micro-organismes d’un compartiment à l’autre. Le sol, l’eau, les plantes, les animaux (micro- et macrofaune du sol, animaux sauvages, animaux d’élevage) interagissent entre eux. Dans certaines conditions, ces transferts peuvent entraîner la contamination des matières premières agricoles utilisées pour la fabrication des aliments. La consommation d’aliments contaminés est à l’origine de maladies chez les consommateurs.
4.1 Transferts vers la ressource en eau
Il convient de distinguer les eaux souterraines (aquifères) et les eaux de surface. Des phénomènes de transfert de micro-organismes pathogènes (bactéries, virus ou parasites) est possible. Ce risque de contamination dépend en grande partie des caractéristiques géologiques de la région ainsi que de la structure du sol. Par exemple, E. coli était détectée tout au long de l’année dans une nappe phréatique peu profonde sur une parcelle drainée . Les risques de contamination des eaux souterraines par E. coli suite à l’épandage de lisiers diffèrent en fonction de la nature du sol et des caractéristiques de la parcelle . Dans ces conditions, il convient d’adapter les pratiques aux caractéristiques...
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GÉNIE ÉCOLOGIQUE
(1) - NESME (J.), SIMONET (P.) - The soil resistome : a critical review on antibiotic resistance origins, ecology and dissemination potential in telluric bacteria. - Environmental Microbiology, 17(4) : p. 913-930 (2015).
(2) - SAMANTA (A.) et al - Pig farm environment as a source of beta-lactamase or AmpC-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli. - Annals of Microbiology, 68(11) : p. 781-791 (2018).
(3) - HOLVOET (K.) et al - Moderate Prevalence of Antimicrobial Resistance in Escherichia coli Isolates from Lettuce, Irrigation Water, and Soil. - Applied and Environmental Microbiology, 79(21) : p. 6677-6683 (2013).
(4) - HARTMANN (A.) et al - Occurrence of CTX-M producing Escherichia coli in soils, cattle, and farm environment in France (Burgundy region). - Frontiers in Microbiology, p. 3 (2012).
(5) - JONES-DIAS (D.), MANAGEIRO (V.), CANICA (M.) - Influence of agricultural practice on mobile bla genes : IncI1-bearing CTX-M, SHV, CMY and TEM in Escherichia coli from intensive farming soils. - Environmental...
Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. Fiches de dangers biologiques transmissibles par les aliments :
https://www.anses.fr/fr/content/fiches-de-dangers-biologiques-transmissibles-par-les-aliments
Institut national de la recherche agronomique, la faune du sol :
http://www7.inra.fr/dpenv/faunedusol.htm
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