L'électrophorèse capillaire est une technique séparative, souvent commercialisée sous forme d'instruments où l'ensemble des étapes, incluant injection des échantillons, séparation et détection, généralement optique, sont totalement intégrées. L'attrait suscité par sa version miniaturisée plus récente est notamment dû à la perspective d'analyses très rapides et de développements de laboratoires sur puce. Ce changement d'échelle n'est cependant pas sans conséquence, notamment sur les étapes d'injection et de détection, qui font appel à d'autres technologies.
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