Alors que la plupart des Français sont confinés chez eux, notre capacité à agir de manière collective est plus que jamais mise à l’épreuve. Grâce à Folding@home, un logiciel de simulation de molécules qui fait ses preuves depuis 20 ans, vous pouvez contribuer à la recherche sur le coronavirus. Comment ? En partageant la puissance de calcul de votre ordinateur, sans bouger de chez vous !
Folding@home permet la modélisation dynamique du repliement des protéines. Comprendre le fonctionnement des protéines du COVID-19 est le premier pas vers une solution thérapeutique.
Les protéines des virus
Les protéines sont des machines moléculaires constituées de chaînes linéaires appelées amino-acides. Dans la plupart des cas, ces molécules se replient spontanément pour former des structures fonctionnelles compactes. À l’instar des machines, ce sont les arrangements des composants de la molécule (c’est-à-dire les atomes) et leurs mouvements qui déterminent la fonction de la protéine.
Les virus eux aussi ont des protéines. Celles-ci leur servent par exemple à se reproduire ou à détruire notre système immunitaire. Une récente étude indique d’ailleurs que le caractère particulièrement contagieux de COVID-19 serait lié à la présence d’une “protéine en forme de pic”, à la surface du virus SARS-CoV-2.
Déterminer la structure d’une protéine par la modélisation
Les simulations informatiques permettent de comprendre la dynamique complexe des protéines. À partir de modèles expérimentaux, il devient possible de simuler comment tous ces atomes se déplacent les uns par rapport aux autres et de révéler les éventuels sites d’action de médicaments.
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Exemple de protéine modélisée par Folding@home (Source : capture d’écran, Folding@home)
En plus de nécessiter énormément de puissance de calcul, ces simulations informatiques ne donnent pas forcément de résultats exploitables. Ainsi, démarrer une nouvelle simulation est un peu comme jouer au loto : plus on achète de tickets plus on a de chances de gagner !
Calcul partagé : mode d’emploi
Pour accélérer les simulations, il y a une solution : multiplier la puissance de calcul en sollicitant des milliers d’ordinateurs à travers le monde. C’est ce que vous propose de faire Folding@home.
Comment faire ? C’est très simple. Il vous suffit pour cela d’installer le logiciel en le téléchargeant ici. Une fois installé, le logiciel travaille tout seul, en tâche de fond. Vous pouvez lui attribuer plus ou moins de ressources, choisir de le faire tourner uniquement lorsque vous ne travaillez pas et bien entendu l’arrêter à tout moment.
Lorsque votre ordinateur est disponible, il réalise donc des séries de calcul appelées “workunits”. Chaque fois que les calculs sont terminés, le logiciel envoie vos résultats aux équipes de chercheurs, vous faisant ainsi contribuer de manière passive.
Et après tout ça ? Continuez à utiliser Folding@home
Le logiciel a eu tellement de succès ces derniers temps que les chercheurs ont dû augmenter le rythme des simulations ! Ceci prouve que le travail collectif paye, en matière de recherche. Car avec 20 ans d’existence, Folding@home n’est pas réservé à l’étude du coronavirus.
La simulation a récemment permis de prédire une structure alternative pour une protéine d’Ebola sur laquelle aucun médicament n’est efficace. Ces prédictions ont depuis été confirmées par des expérimentations.
Par conséquent, si vous désirez installer Folding@home sur votre ordinateur, sachez que le logiciel est aussi utilisé pour supporter la recherche sur le cancer et les maladies d’Alzheimer, de Parkinson ou de Huntington. Continuez à l’utiliser !
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