Depuis les années 1980, les progrès de l'ingénierie des êtres vivants permettent de franchir une étape supplémentaire avec l'ambition de construire des organismes « à la carte » produisant par fermentation le composé dont l'industrie ou la médecine aurait besoin, à partir de ressources renouvelables. C'est l'objectif d'un champ de recherche appelé « ingénierie métabolique ». À ce jour, la fermentation de plus de 130 composés différents a été étudiée dans de multiples organismes. Dans cet article, nous avons compilé la liste de ces composés, des organismes utilisés et des références bibliographiques associées. À notre connaissance, cet article constitue l'inventaire le plus complet jamais publié jusqu'à présent. Ce tableau rassemble des exemples dans le domaine des carburants, des plastiques, de l'agriculture, de la chimie et de la médecine. Comme nous pouvons le constater, la majorité des efforts ont été dirigés vers la production d'une grande variété de produits pharmaceutiques. Cependant, peu d'entre eux ont été réellement développés pour être produits à l'échelle industrielle, contrairement aux biocarburants et bioplastiques pour lesquels les différentes molécules d'intérêt ont été étudiées en profondeur dans de nombreux organismes hôtes.