De la connaissance du microbiote de la rhizosphère des plantes cultivées aux biosolutions

Les conséquences du changement climatique impactent les cultures qui sont de plus en plus exposées à des stress abiotiques, notamment la sécheresse et la salinité des sols, ce qui les rend plus vulnérables aux stress biotiques. Dans ce contexte, les défis associés à la production alimentaire obligent le secteur agricole à rechercher et à adapter des solutions innovantes, en particulier pour atténuer les impacts du changement climatique. De plus, l’agriculture fait actuellement face à un enjeu majeur qui vise à limiter ou à remplacer les intrants de synthèse pour la fertilisation et la protection des plantes. Cela répond à des enjeux environnementaux et à une demande de plus en plus forte de la part des consommateurs.

Les enjeux environnementaux concernent la réduction du lessivage des engrais (azotés et phosphatés) et de la diffusion des pesticides dans les sols, à l’origine de la pollution des nappes phréatiques et des cours d’eau. La demande des consommateurs est telle que nombre d’entre eux se tournent vers le « bio » pour s’assurer de consommer des produits alimentaires « sains ». Une alimentation totalement « bio » pour l’ensemble des consommateurs est probablement impossible à atteindre, à la fois pour une question de volume et de prix. Une solution réaliste pour les agriculteurs et les consommateurs est de tendre vers la mise en œuvre d’une agriculture compatible avec la protection de l’environnement et de la biodiversité, ce que l’on nomme depuis quelques années l’agroécologie.

Parmi les pratiques préconisées par l’agroécologie, la réduction du travail du sol et l’utilisation de solutions remplaçant les intrants de synthèse (biofertilisants et agents de biocontrôle) sont au cœur des enjeux. En effet, la réduction du travail du sol se traduit par un besoin accru en herbicides dont l’usage est de plus en plus remis en question. Il y a donc une urgence à proposer aux agriculteurs des solutions biologiques de remplacement.

Il est bien établi que la rhizosphère, cette fraction du sol autour et sous l’influence des racines, contient une très grande abondance et une grande diversité de bactéries, de champignons et d'archées et joue un rôle crucial dans la croissance des plantes. La compréhension des interactions entre la plante et le microbiote associé à ses racines et sa rhizosphère peut contribuer, sur des bases scientifiques, au développement de nouvelles technologies durables au niveau de la rhizosphère, respectueuses de l'environnement et économiquement viables, l'optimisation du microbiote rhizosphérique offrant des avantages en termes d'efficacité dans l'utilisation de l'eau, de l'azote (N) et du phosphore (P) ( https://agriculture-de-conservation.com/Les-racines-au-coeur-du.html).

Dans ce contexte, la sélection et l’utilisation de micro-organismes favorisant la croissance des plantes sont des outils essentiels dans le domaine de la biotechnologie de la rhizosphère (biosolutions). Dans cet article, le choix a été fait d’évoquer les solutions microbiologiques basées sur les avancées scientifiques des 30 dernières années et concernant l’étude des bactéries associées à la rhizosphère des plantes cultivées.